Ανάλογα με τη βαρύτητα και τον τύπο της περιοδοντικής νόσου, ο οδοντίατρος θα αποφασίσει τι είδους θεραπεία θα εφαρμόσει. Οι στόχοι της θεραπείας της περιοδοντικής νόσου είναι συγκεκριμένοι και αφορούν στην εξάλειψη της φλεγμονής, την μείωση ή εξάλειψη των θυλάκων και την διατήρηση ή αύξηση της πρόσφυσης των ούλων επάνω στην επιφάνεια των δοντιών. Οι παραπάνω στόχοι μπορούν να επιτευχθούν με συντηρητικές (μη χειρουργικές) τεχνικές ή με επεμβατικές (χειρουργικές) τεχνικές.
Στην περίπτωση που η νόσος βρίσκεται σε αρχικό στάδιο (ουλίτιδα) και περιορίζεται μόνο στα ούλα, τότε ένας καλός καθαρισμός των δοντιών και βελτίωση των συνηθειών στοματικής υγιεινής είναι συνήθως αρκετά.
Όταν η φλεγμονή έχει προχωρήσει βαθύτερα(περιοδοντίτιδα),τότε απαιτείται πιο εξειδικευμένη θεραπεία. Σε πρώτη φάση γίνεται ένας«βαθύτερος» καθαρισμός και λείανση της ριζικής επιφάνειας (ριζική απόξεση) των δοντιών. Η όλη διαδικασία γίνεται κάτω από τοπική αναισθησία. Μετά την υποχώρηση της φλεγμονής, τα ούλα συρρικνώνονται και «σφίγγουν», με αποτέλεσμα να ελαττώνεται το βάθος των θυλάκων. Σημαντικό ρόλο στην μείωση της φλεγμονής των ούλων και τον έλεγχο της μικροβιακής πλάκας παίζει η χρήση στοματικού διαλύματος ,είτε με χρήση κατ’οίκον είτε κατά την διάρκεια της θεραπείας με διακλυσμούς των θυλάκων. Τα πιο αποτελεσματικά είναι τα σκευάσματα χλωρεξιδίνης. Ο οδοντίατρος μπορεί να συστήσει και τη λήψη φαρμάκων που βοηθούν στην ελάττωση της φλεγμονής και του πόνου και προάγουν την επούλωση, ωστόσο αυτά χορηγούνται μόνο σε ορισμένες περιπτώσεις . Σε κάθε περίπτωση, πάντως, αυτός που θα πάρει την απόφαση για την αναγκαιότητα λήψης κάποιου φαρμάκου είναι ο οδοντίατρος και δεν πρέπει να καταφεύγουμε μόνοι μας στη λήψη κάποιου φαρμακευτικού σκευάσματος. Τα φάρμακα αυτά μπορεί να είναι υπό τη μορφή χαπιού ή να μοιάζουν με ένα μικρό φυλλαράκι (chip) που τοποθετείται μέσα στον περιοδοντικό θύλακο από τον οδοντίατρο.
Μετά το τέλος της περιοδοντικής θεραπείας ακολουθεί μια περίοδος αναμονής 6 εβδομάδων κατά την οποία επουλώνονται οι περιοδοντικοί ιστοί. Κατά την επανεξέταση, ο οδοντίατρος θα μετρήσει και πάλι το βάθος των θυλάκων προκειμένου να διαπιστώσει το βαθμό της βελτίωσης της περιοδοντικής κατάστασης του ασθενούς. Και εφόσον παραμένουν θύλακοι με σημαντικό βάθος, τότε ίσως χρειαστεί να ακολουθήσει κάποια χειρουργική επέμβαση στα ούλα.
Με δεδομένο το γεγονός ότι η περιοδοντική θεραπεία δεν οδηγεί σε πλήρη ίαση και ο κίνδυνος υποτροπής της νόσου είναι υπαρκτός ,το σημαντικότερο μέρος της αντιμετώπισης της περιοδοντικής νόσου είναι η φάση διατήρησης του αποτελέσματος με την συστηματική επανάκληση του ασθενή. Εάν ο ασθενής δεν ενεργοποιηθεί και δεν εφαρμόζει τις υποδείξεις του οδοντιάτρου περί στοματικής υγιεινής, ακόμη και η καλύτερη θεραπεία είναι καταδικασμένη να αποτύχει μακροπρόθεσμα. Είναι πολύ σημαντικό να γίνεται έλεγχος του στόματος κάθε 6 μήνες ώστε να προλαμβάνεται πιθανή υποτροπή της νόσου.